Im Bujinkan werden verschiedene Schulen geleehrt. Diese sind
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1. Togakure Ryu Ninpo
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Die Schule der Verborgenen Pforte
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2. Gyokko Ryu Koshijutsu
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Die Schule des Juwelengeschmückten Tigers
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3. Kuki Shinden Ryu
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Die Schule der Neun Dämonischen Götter
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4. Shinden Fudo Ryu
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Die Tradition des Unerschütterlichen Gottes
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5. Gyokkushin Ryu Ninpo
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Die Schule des Juwelenbekränzten Herzens
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6. Koto Ryu Koppojutsu
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Die Schule derer, die den Tiger bezwingen
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7. Gikan Ryu Koppojutsu
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Die Schule der Achtung und der Gerechtigkeit
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8. Takagi Yoshin Ryu Jutaijutsu
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Erhebet die Herzen zu den Wipfeln der Bäume Schule
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9. Kumogakure Ryu Ninpo
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Die Schule des Verborgenen Schreins
Drei dieser Schulen sind tradionelle Ninjutsu-Schulen, die anderen sechs sind Schulen in denen die Kampftechniken der Samurai gelehrt werden.